栽植深度的確定首先取決于蔬菜的生物學特性。例如，番茄易生不定根，適當深栽可促發不定根，增加根系數量。茄子是深根性作物，根系數量相對較少，為增強其支持和吸收能力，也宜深栽。黃瓜為淺根作物，但需水量大，為便于根系吸收水分、養分，宜于淺栽。常說的“茄子沒脖、黃瓜露坨”就是這個道理。 雖然不同的蔬菜根系有不同的特性，但在定植時還需要根據棚室的不同情況靈活調整。 在不同的季節，栽苗深度也有所變化。早春定植一般要淺一些，因早春溫度低，栽深了不易發根。夏季定植可以深一些，一方面不怕地溫低、栽深了反而可以適當減輕夏秋季地溫過高、水分散失過快的為害，另一方面又能增強晚秋根系抵抗低溫的能力。 在不同土壤條件下栽苗深度也不同。地勢低洼、地下水位高的地方宜淺栽，這類地塊土溫偏低，栽深了在低溫季節易導致爛根。土質過于疏松、地下水位偏低的地方，則應適當深栽，以利保墑。 如在一些新建的棚室或老棚室，土壤有機質含量少，土質較粘，這樣的土壤透氣性不好，因此蔬菜定植要淺。若深栽就可能由于覆蓋的土壤粘重，透氣性不良而導致根系缺氧，出現悶根或漚根的情況，更容易誘發根部病害。對于土質粘重的棚室，定植深度應保持基質平面與土面平齊，若進行覆土，則不要超過1厘米。 當然，定植深度還可根據不同的栽培方式靈活調整，如在地勢低洼、地下水位高的地方，可結合起高壟栽培而采取深栽的方式。在土質過于疏松的地方，可結合溝栽，但定植深度要淺，利于根系更好的接觸水分。
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